高通量SNP基因型檢測(cè)是基因組選擇的前提，當(dāng)前以高通量SNP固相芯片為主，但該技術(shù)主要掌控在美國(guó)公司手中，是我國(guó)分子育種的卡脖子技術(shù)。本成果利用靶向捕獲測(cè)序技術(shù)和多聚單核苷酸多態(tài)性技術(shù)，在之前開發(fā)的豬50K液相芯片（專利號(hào)：ZL202110359470.7）基礎(chǔ)上，結(jié)合課題組豬重要性狀遺傳解析成果，開發(fā)了效率更高的多聚單核苷酸多態(tài)性50K（專利號(hào)：ZL202310552851.6）和10K液相芯片（專利號(hào)：ZL202310707878.8），在不增加成本的前提下，可以提供更多的SNP標(biāo)記，基因組選擇準(zhǔn)確性提升3～5個(gè)百分點(diǎn)。兩款芯片相結(jié)合，可實(shí)現(xiàn)‘前低后高，前多后少’的高低密度SNP芯片基因組育種，降低基因組育種成本1/2～2/3（中國(guó)畜牧雜志，2022），推動(dòng)我國(guó)生豬基因組育種。

豬50K和10K液相芯片分別包含52000和9400個(gè)靶位點(diǎn)，覆蓋豬所有染色體， SNP和個(gè)體檢出率為0.997和0.998，可用于豬的基因定位、群體結(jié)構(gòu)分析、親子鑒定及品種純度分析和分子育種等。

本發(fā)明與基于illumina平臺(tái)和Affymetrix平臺(tái)開發(fā)的芯片（通常稱之為固相芯片）相比，本成果除了保留檢測(cè)準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)和價(jià)格較低之外，它還有以下幾個(gè)優(yōu)勢(shì)：

（1）標(biāo)記位點(diǎn)增刪方便，可以隨時(shí)補(bǔ)充新的位點(diǎn)；

（2）樣品檢測(cè)靈活，少量樣本即可檢測(cè)，無(wú)樣本量限制；

（3）SNP芯片密度可以靈活調(diào)整，適合多種場(chǎng)景應(yīng)用；

（4）利用多聚核苷酸技術(shù)，可以在成本不變前提下，50K液相芯片標(biāo)記數(shù)可提高至10萬(wàn)個(gè)。結(jié)合單倍型分析，可以進(jìn)一步提高基因組選擇準(zhǔn)確性；

（5）10K液相芯片目前固相芯片尚無(wú)該產(chǎn)品類型，本發(fā)明利用了液相芯片技術(shù)優(yōu)勢(shì)，主要用于基因組選擇，可極大降低育種成本。